Neix a Hamburg (Alemanya) i va ser la gran de 4 germans, entre ells Fèlix Mendelssohn (4 anys més petit que ella). Van aprendre música amb la seva mare, i tant ella com Fèlix van ser nens prodigis, doncs Fanny amb 14 anys tocava de memòria «El clave bien temperado» (de Bach, que encara es fa servir avui dia). A casa els feien estudiar des de les 5 del matí fins a últimes hores de la tarda. Però ella mai es va considerar una professional de la música, ni com a intèrpret ni com a compositora fins pocs anys abans de la seva mort a Berlín. A més a més, tenia assumit ser l’ombra del seu germà.

A la societat de l’època i a la seva classe social una dona s’havia de conformar en ser una bona mestressa de casa i mare de família, i Fanny ho va assumir amb molt de gust. Però mai va desatendre la música, que va ser la seva verdadera passió, ho compaginava amb les seves tasques domèstiques.

Tenia una bona posició econòmica i un marit artista que la va admirar i animar en la seva creativitat. Però en canvi, el seu pare i el seu germà Fèlix li prohibien actuar en públic, és per això que només ho feia en un cercle privat a casa seva o d’algun amic. No estava ben vist fer-ho d’una altra manera i menys que cobrés diners.

Mentre el seu germà Fèlix triomfava amb el públic, ella mostrava la seva gran dot com a pianista, organitzadora de concerts domèstics, directora d’orquestra i cor i de compositora, tot i que ningú la considerava seriosament. Mai va deixar de compondre excepte en un moment dramàtic de la seva vida, la mort d’una filla que la va deixar 10 anys callada. Tot i que Fanny va morir jove (42 anys), va arribar a escriure més de 400 obres.

No va publicar res (perquè no s’atrevia a contradir al seu pare i germans) fins que va complir 40 anys, animada pel seu marit i després de morir el seu pare.

És curiós que Fèlix, que l’admirava i estimava, va publicar obres de Fanny en nom seu ( en aquella època era normal fer-ho...), cosa que després va fer difícil l’estudi de l’autoria de certes obres.

Anna Bofill Levi (compositora i pianista) diu: «La vida de Fanny Mendelssohn és el cas arquetípic de condició vital de les dones artistes del segle XIX, portat a l’extrem: la creació com a divertiment, el matrimoni coma principal objectiu, però no per diners, casar-se amb un luterà d’aspecte ben oposat al d’un jueu, un home d’esperit suficientment obert com per acceptar una jueva conversa. Aquest seria elegit per la mateixa Fanny, un afamat retratista de la cort reial de Prússia, un artista estimat i acceptat per la seva família». Es van casar quan ella tenia 16 anys i no només la recolzava com a compositora sinó que també buscava la publicació de les seves obres.

La mort li arribà en un assaig d’un concert, el seu germà Fèlix, abatut per la mort de la seva germana, va morir al cap de 6 mesos.